История существования Управления госэкспертизы по Вологодской области начинается с 70-х годов XX века. В архивном фонде Вологодского областного исполнительного комитета существует запись от 26 марта 1974 г. №156 “О создании отдела по экспертизе проектов и смет на строительство”, строящихся объектов бюджетной сферы.
В конце 80-х предложение возглавить экспертный отдел при Вологодском облисполкоме получает Владимир Александрович Мещеряков, долгое время руководивший строительством дорог и дорожного хозяйства Вологодской области. В отделе в тот период работало всего три специалиста: Д. М. Сандлерский, А. Ф. Матвеев и Г. Н. Басенкова. С приходом Владимира Александровича Мещерякова тихая жизнь экспертного отдела закончилась, так как он представлял себе работу по экспертизе строительства иначе, а функции экспертного отдела шире. И поэтому Владимир Александович предлагает создать вместо отдела - Управление государственной вневедомственной экспертизы. Тогдашний председатель облисполкома А. Г. Корнилов поддержал его инициативу.
В августе 1988 года в соответствии с решением Вологодского облисполкома на базе экспертного отдела при облисполкоме образовано “Хозрасчетное управление государственной вневедомственной экспертизы”. Со временем полномочия “хозрасчетного управления вневедомственной экспертизы” расширились.
В конце 80-х - начале 90-х годов прошлого столетия в стране идёт “перестройка” по всем направлениям общественно-политической жизни. Переход к рыночной экономике и, вместе с тем, полномасштабные реформы в стране не могли затронуть принципы руководства и проведения экспертизы. В. А. Мещеряков возглавлял Управление госэкспертизы в течении 15 лет. и создал прочный фундамент Управления госэкспертизы по Вологодской области.
В период с начала 1994 года и по середину 2013 г. Управление госэкспертизы по Вологодской области не раз претерпевало изменения названия и смену адреса местоположения:
- 17.03.1994 - Управление государственной вневедомственной экспертизы при Вологодском облисполкоме переименовано в “Управление государственной вневедомственной экспертизы проектов строительства по Вологодской области при комитете по строительству, архитектуре и ЖКХ администрации области”;
- 15.01.2002 - учреждение переименовано в государственное учреждение “Управление государственной вневедомственной экспертизы проектов строительства по Вологодской области” (ГУ “УГВЭПС”);
- 05.02.2007 - учреждение переименовано в государственное учреждение “Управление государственной экспертизы проектов документов территориального планирования, проектной документации и результатов инженерных изысканий по Вологодской области”;
- 13.09.2010 - путем изменения типа существующего государственного учреждения создано Автономное учреждение Вологодской области “Управление государственной экспертизы проектов документов территориального планирования, проектной документации и результатов инженерных изысканий по Вологодской области”;
- 09.07.2013 - учреждение переименовано в Автономное учреждение Вологодской области “Управление государственной экспертизы проектной документации и результатов инженерных изысканий по Вологодской области”.
С 2003 г. руководителем Управления госэкспертизы стал В. А. Андреев. При нём учреждение продолжило свою важную для строительной отрасли деятельность. С начала 2017 г. в соответствии с изменениями внесенными в законодальтельные акты РФ управление госэкспертизы перешло на электронный формат предоставления услуг по государственной экспертизе проектно-сметной документации.
С конца 2018 года руководителем Управления госэкспертизы назначена Ю. Н. Мартынова, имеющая большой опыт управления государственными ведомствами.